Pour étudier en classe les habitats et la biodiversité sous-marine, nous avons besoin de collecter des images et vidéos issues de plongées. Mais attention, il ne s'agit pas ici de photographier tout ce qui bouge. Ce que nous recherchons, ce sont des photos qui permettent de cerner les liens qui subsistent entre les êtres vivants. À quoi ressemble un paysage sous-marin ? Quels végétaux les peuplent ? Quels animaux les habitent ? Ainsi, nous recherchons davantage des plans larges laissant apercevoir des individus dans leur cadre de vie, de resituer les éléments (Surface, fond et colonne d'eau.)
Pour y parvenir, nous vous recommandons l'usage de caméras sous-marines panoramiques telles que le KOSMOS ou encore de caméras sous-marines 360°. À défaut, placez une caméra de type "sport" étanche sur un support lesté et orienté horizontalement.
1/ Echantillonner
Le prélèvement consiste dans ce cas à déposer une caméra sur le fond (en mode film ou programmé) ou à photographier des paysages en plongée. Il ne s'agit pas ici de photographier une espèce en particulier mais bien un paysage sous-marin.
Une plongée d'instrument, à un emplacement donné, vaut pour un échantillon. Chaque échantillon pourra regrouper plusieurs images, captures d'écrans ou une vidéo.
Se référer à la documentation proposé par le projet qui développe le KOSMOS
Il n'y a pas d'outils à proprement parler pour sous-échantilloner une vidéo. C'est à vous de voir ce que vous en faites. Pour commencer, il est important de créer un dossier qui contiendra les données en respectant bien l'arborescence suivante :
2.1 Organiser
- Nom de l'échantillon : Ce dossier devra porter le nom de l'échantillon (Numéro de ligne dans le LOG) soit sa référence unique.
Images : Pour chaque échantillon déposez ici des images, captures d'écrans réalisées à partir de l'échantillon en question (Issues de la même ligne de LOG)
Datas brutes : Déposez ici les vidéos ou les images avant trie.
2.2 Extraire, sous-enchantillonner
Placez vous confortablement devant un ordinateur et ouvrez les données brutes ;
Visionnez une vidéo ou les photos prises pendant une plongée.
Capturer des images importantes. C'est-à-dire que l'on voit plusieurs éléments suivant :
La surface de l'eau ;
Le fond marin ;
La végétation fixé sur le fond ou animaux fixés ;
Le sédiment ;
La roche ;
Un ou plusieurs animaux ;
Placez ces images dans le dossier correspondant au bon échantillon.
Ce que vous obtiendrez
Après l'acquisition : Des vidéos ou une grande série d'images tel que :
Après l'extraction : Une série d'images de paysages sous-marins tel que :
3/ Transmettre les données
3.1 Remplir formulaire échantillon
Pour chaque échantillon (chaque ligne du tableau LOG), il faudra commencer par enregistrer un point d'observation.
Ajouter un point d'observation
3.2 Compléter le tableau des données
Maintenant que le point d'observation est enregistré, il faut importer les images d'observations de paysages sous-marins. Cependant, il n'est pas possible de réaliser cela facilement. Ces données ne seront donc pas à déposer directement ici, mais à envoyer au gestionnaire sous forme d'un transfert (Smash transfer (2Go maximum)).
Vous pouvez :
Nous aider encore, en complétant le fichier ".csv" (voir doc dans le bloc déroulant ci-dessous).
Ou nous envoyer les données comme ça car c'est déjà bien (rendez-vous à l'étape 4.3).
Préparer le fichier d'import de fichiers multiples
Ce fichier listera tous les sous-echantillons d'un prélèvement de plancton (vignettes). Par conséquent, il devra être placé dans le dossier au chemin : Ref_echantillon/refechantillon.csv et être renommé avec la référence unique de l'échantillon avec l'extension ".csv".
a/ Prérequis
Disposer d'un ordinateur connecté à internet
Disposer d'un logiciel tableur. De préférence Libre Office
Attention ! Il est important de renouveler cette manipulation pour chaque échantillon.
b.1. Les vignettes
Ouvrir le dossier contenant les images que l'on souhaite importer.
Lister les noms des fichiers ;
Pour lister les fichiers contenues dans un dossier sous unix,
Ouvrir un terminal depuis le dossier en question ;
Depuis l'explorateur de fichier, cliquer droit n'importe où. Sélectionner "Ouvrir dans un terminal"
Ou ouvrir un terminal (ctrl + alt + t), puis naviguer jusqu'au dossier au moyen de la commande
cd chemin/du/dossier/
Entrer la commande
ls > nomsdefichiers.txt
. Cette action aura pour effet de créer un fichier ".txt" dans lequel seront listés tous les fichiers contenues dans le dossier.
Cette fonction est inconnue sur Windows. Si vous savez faire, Merci de contribuer ici.
Sinon listez les noms de fichiers à la main ou passez à Linux ;-)
b.2. Préparer le tableur
Ouvrir le tableur ".ods".
Coller dans la première colonne (Titre de l'image) les noms de fichiers.
Dans la seconde colonne (Référence de l'échantillon), entrer la référence de l'échantillon correspondant.
Copier cette référence à toutes les lignes jusqu'à la dernière ligne.
Ne pas renseigner la colonne "Type de..."
Dans la quatrième colonne, entrer le nom de l'opérateur en entrant un nom parmis : Guillaume Leguen, Sailowtech, Marama. Attention à respecter la casse strictement (majuscules, minuscule, orthographe...) ;
Le contenu dans la colonne D doit être étiré à toutes les lignes sans en modifier le contenue.
La colonne E (Image) contient un calcul qui concatène simplement le nom du fichier au chemin. Il conviendra de l'étirer aussi à toutes les lignes.
Enregistrer le fichier au format ".csv" en spécifiant les guillemets """ comme séparateurs de textes, les virgules "," comme séparateurs de champs et en veillant à bien activer la mise entre guillemets des cellules de textes.
3/ Transfert des données
Pour chaque échantillon créer un dossier dans lequel seront placés les images et le fichier ".csv" correspondant.
Transférer ces données par un système de transfert comme swisstransfer.com par exemple.
Adresser ces données à l'équipe de préférence via le discord ou par mail.
3.3 Transférer les données
Rangez tous les éléments dans un dossier commun contenant les résultats des autres expériences (voir documentation associé). À la racine de ce dossier, disposez le fichier LOG complété. Déposez si vous l'avez fait le fichier ".csv" correspondant dans chaque dossier d'échantillon.
Transférez l'ensemble des données ou par petit bout via un service d'export de fichiers comme :
